從十二屆全國人大二次會議秘書處獲悉，根據出席十二屆全國人大二次會議代表審議和全國政協十二屆二次會議委員討論提出的意見和建議，國務院對政府工作報告進行了反復推敲和認真修改，共修改16處。其中，比較重要的修改有6處，全部涉及2014年重點工作。

　　在“推動重要領域改革取得新突破”中“深化金融體制改革”一段，增加“發展普惠金融”，以使金融改革發展成果更多更好惠及廣大人民群眾。

　　在“促進農業現代化和農村改革發展”中“積極推進農村改革”一段，增加“培育新型職業農民”，以適應創新農業生產經營方式的需要。

　　在“以創新支撐和引領經濟結構優化升級”中“加快科技體制改革”一段，增加“重視科普工作和科學精神建設”，以提高全社會尊重科學、崇尚科學的意識。

　　在“加強教育、衛生、文化等社會建設”中“推動醫改向縱深發展”一段，增加“構建和諧醫患關系”，以反映群眾和社會的期待。

　　在“努力建設生態文明的美好家園”中“出重拳強化污染防治”一段，增加“推廣新能源汽車”，以加快新能源汽車產業發展，推進節能減排，促進大氣污染防治。

　　在“努力建設生態文明的美好家園”中“推進生態保護與建設”一段，將“探索建立跨區域、跨流域生態補償機制”改為“推動建立跨區域、跨流域生態補償機制”，以表明對建立生態補償機制更加積極的態度。