雖然我國推廣合同能源管理模式已初見成效，節能服務公司數量快速增長，項目投資總額不斷加大，各項政策優惠措施得到逐步落實，但節能服務產業的發展仍然處于初級階段，進一步發展還有諸多不利的環境和障礙需要克服，發展仍然面臨著一系列問題，主要表現在以下幾個方面：
�。ㄒ唬┰屑{稅負擔過重，稅收優惠政策出臺后尚未落到實處
在稅收優惠政策實施前，在現行的我國稅收制度下，基于市場運作的EMC公司為客戶提供優質的服務，其中也包括通過面向全社會的采購為客戶優選節能設備。然而我國的稅務部門總是把EMC看作是一般的節能設備銷售商，把EMC公司與客戶的節能服務合同看成設備購銷合同，把EMC的服務費視同一般節能設備銷售商的加價，納入增值稅的規范，也就是說，把本應該是服務稅的部分變成了增值稅；與此同時，EMC公司的收益來自于節能效益分享，由于稅務部門把EMC的服務看作簡單的設備銷售，因此把節能效益分享看成了設備銷售的分期付款。根據我國的稅收制度的權責發生制，在EMC公司把節能設備安裝到客戶后就被認定為設備銷售已經實現，這樣，在EMC為客戶實施節能項目后還只剛剛開始分享節能效益時，就被認定應立即按合同全額上繳企業所得稅。
盡管2010年12月30日《財政部、國家稅務總局關于促進節能服務產業發展增值稅 營業稅和企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2010]110號）出臺，自2011年1月1日起執行稅收優惠政策，但由于是新生事物，各地尚未出臺具體操作細則，可操作性差，稅收優惠的政策沒有落到實處，真正享受到稅收優惠政策的企業少之又少，沒有起動應有的推動作用。
（二）目前的信譽環境不利于EMC公司的發展
由于目前我國企業的信譽環境尚待改進，無論是EMC公司還是耗能企業（EMC的客戶），都存在這個問題。企業懷疑EMC公司的承諾是否是真的；EMC公司懷疑客戶能否真正按合同分享節能效益。
（三）在現行的政府機構財務管理制度下，EMC公司難于為政府機構實施節能項目
1992年美國兩院議會通過議案要求政府機構與EMC公司合作，以合同能源管理模式實施政府樓宇的節能改造，從而達到既不需要增加政府預算，又取得政府機構帶頭節能的效果。
在這個法案中，允許政府機構在不增加能源費用的前提下，把合同能源管理項目所節約的能源費用與EMC公司分享；同年加拿大政府也通過實施“聯邦政府建筑物節能促進計劃”（簡稱FBI），以合同能源管理模式推動政府機構的節能。然而，在我國現行的政府機構財務管理制度下，EMC公司不可能與政府機構分享節能效益，除非政府財政系統作出適當的決定，允許政府機構在不增加能源費用的前提下與EMC公司分享節能效益，或允許節能改造費用視同能源費用列入政府機構的預算和采購。此外，政府機構節能效益沒有建立獎勵制度，物業管理人員沒有任何積極性。
（四）金融機構尚未能積極為合同能源管理項目融資
目前，我國的EMC公司很難通過銀行等金融機構為合同能源管理項目融資，其原因主要是：我國的EMC公司都屬于中小企業，剛剛成立的EMC公司在金融系統尚未建立信譽；節能項目不像一般的建設項目能形成抵押物；銀行等金融機構的信貸評估部門尚不熟悉EMC公司的業務；盡管我國的《物權法》已于2007年10月1日生效，但是EMC公司大量的投資所形成的資產（設備和合同應收款）留在客戶企業（待分享效益后才能實現），銀行等金融機構往往不承認這種資產的實在性，也不認可把這種資產作為信譽抵押。在發達國家不存在這些問題，政府也鼓勵銀行等金融機構為節能項目融資。
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雖然有多方面的政策支持，已為在我國具體條件下實施合同能源管理項目提供了寶貴的經驗，但是EMC公司畢竟還是處于早期發展中的產業，尚無成熟的行業規范，諸如服務標準、節能量檢測和認定方法、合同規范等。目前處于魚目混珠的狀態。不少能源服務公司專業化不強，缺乏運營能力。節能服務公司的運營機制是全新的，又比較復雜，潛在的節能服務公司基本都沒有受過專業培訓，大多數缺乏綜合技術能力、市場開拓能力、商務計劃制定能力、財務管理與風險防范能力、后期管理能力等，降低了向用戶提供服務的水平。
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節能項目是一項技術性很強的項目，國內現在有很多節能技術，一些技術還非常有效，投入產出比很高�？蓡栴}是技術非常混亂，魚目混珠，有些節能服務公司能力不強或者夸大節能效果。由于缺乏比較權威、有效的信息，企業很難判斷哪些技術是真的，哪些是假的，哪些技術最合適，技術到底有沒有風險。這就需要提供信息服務和檢測服務，但社會上還缺乏完善檢測隊伍和檢測機構，節能檢測的能力建設滯后。
深入專題了解：合同能源管理的優勢和難局
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